Đầu năm 2050, một thực thể sống có tên gọi Tế bào Oracle đã đe dọa đến cuộc sống của các giống loài khác trên Trái đất. Tập tính háu đói và tàn bạo của chúng khiến người ta phải khiếp sợ, cuối cùng người ta gọi chúng là Aragami - Hoang thần.
Phải đối mặt với những kẻ thù miễn dịch với các loại vũ khí thông thường, con người mất đi nhà cửa kéo đến các đất nước mất đi thủ đô của mình, từ đó dẫn đến nạn tuyệt chủng của con người.
Thế nhưng nhân loại vẫn còn một tia hy vọng duy nhất, đó chính là God Arc - Hay còn gọi là Jinki (Thần cơ), vũ khí này được tạo ra từ Tế bào Oracle nên có thể gây sát thương đối với Aragami, cũng từ đó các lực lượng tinh nhuệ được trang bị Jinki nổi dậy, họ được gọi là God Eater. Và cuộc chiến của những God Eater cùng những vị thần điên cuồng Aragami bắt đầu.
